تولى سموه منصب رئاسة فريق وزاري يضم وزراء الخدمات في الحكومة الاتحادية في عام 2006،و يقوم المجلس الوزاري للخدمات بمتابعة تنفيذ السياسة العامة للحكومة, ودراسة التقارير عن سير العمل في الوزارات والاجهزة الحكومية.

تولى سمو الشيخ منصور بن زايد عضوية مجلس إدارة المجلس الأعلى للبترول في عام 2005، وهو جهاز حكومي ضمن الاجهزة الحكومية الخاصة بإمارة ابوظبي. ويقوم هذا المجلس بالاشراف على الصناعة البترولية في إمارة ابوظبي.

تولى سموه عضوية مجلس إدارة جهاز أبوظبي للاستثمار في عام 2006 بموجب مرسوم أصدره صاحب السمو الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان رئيس الدولة حفظه الله. ويتولى مجلس أبوظبي للاستثمار استثمار الأموال التي تخصصها الحكومة.

شهدت أعمال دائرة القضاء نقلة جذرية في أعمالها منذ تولي سمو الشيخ منصور بن زايد آل نهيان رئاستها في عام 2006, وقد استهدف التطوير الارتقاء بجهاز القضاء أسلوبا وإمكانيات بما يتفق مع الرؤية الإستراتيجية لحكومة أبوظبي.

تولى سموه منصب رئاسة مجلس إدارة جهاز الإمارات للاستثمار في عام2007، ويعتبر الجهاز هو الجهة المسؤولة عن استثمار الأموال المخصصة للاستثمار نيابة عن الحكومة الاتحادية وعلى نحو كفء, وبما يحقق عوائد استثمارية.

تولى سموه منصب رئاسة مجلس إدارة جهاز أبوظبي للرقابة الغذائية في عام 2005، بهدف حماية الإنسان من مخاطر الأغذية، وضمان سلامة وجودة الأغذية للاستهلاك الآدمي، وإجراء الدراسات والأبحاث اللازمة للمحافظة على سلامة الأغذية.

تولى سمو الشيخ منصور بن زايد منصب رئاسة مجلس إدارة صندوق أبوظبي للتنمية في عام 2006, ويعد الصندوق أحد القنوات الرئيسية التي تتدفق عبرها المساعدات من إمارة ابوظبي إلى الدول العربية والدول النامية.

تعمل مؤسسة "خليفة بن زايد للأعمال الخيرية",التي تولى منصب رئاسة مجلس إدارتها سمو الشيخ منصور بن زايد آل نهيان في عام 2007، في مجال البر ومساعدة الفقراء وطلاب العلم وتقديم الخدمات الاجتماعية والصحية والدينية.

تولى سمو الشيخ منصور بن زايد منصب نائب رئيس مجلس أبوظبي للتعليم في عام 2005، ويعمل المجلس على تطوير التعليم والمؤسسات التعليمية في إمارة أبوظبي، وتقديم الاستشارات الفنية بشأن تطوير السياسات والخدمات التربوية في الإمارة.

تسلم سمو الشيخ منصور بن زايد آل نهيان منصب رئاسة الشركة في عام 2005، حيث نجحت شركة الاستثمارات البترولية الدولية "آيببك"  في فرض نفسها بين كبرى شركات الاستثمار العالمية في مجال الطاقة، وتمكنت من إيجاد توجّه جديد للاستثمارات في إمارة أبوظبي البترولية.

يرأس سمو الشيخ منصور بن زايد مجلس إدارة أمناء المركز الوطني للزلازل والأرصاد الجوية منذ عام 2007، وهو الأول من نوعه على مستوى الدولة وقد تم تزويده بأحدث التجهيزات والخبرات وأجهزة الرصد الجوي والأرضي وأنظمة الإنذار المبكر على مستوى الدولة.

يرأس سمو الشيخ منصور بن زايد آل نهيان منذ عام 2007 مجلس أمناء جائزة خليفة التربوية ، وهي جائزة تربوية دولية، تتولى مهمة الارتقاء بالعمل التربوي الإماراتي والعربي، في مراحله كافة، من خلال تكريم المتميزين والمبدعين في المجالات التربوية المختلفة.

تولى سمو الشيخ منصور بن زايد منصب نائب رئيس مجلس أمناء مؤسسة زايد للأعمال الخيرية والإنسانية في عام 2006، التي تهدف إلى القيام بأعمال الخير والبر والنفع العام بشتى أنواعها، داخل البلاد وخارجها.

تولى سمو الشيخ منصور بن زاي منصبد نائب رئيس مجلس إدارة هيئةالبيئة في عام 2005، وهي هيئة حكومية مستقلة مختصة بتنفيذ القوانين البيئية والضوابط التنظيمية لحماية البيئة في إمارة أبوظبي.

تولى سمو الشيخ منصور بن زايد منصب رئاسة هيئة سباقات الخيل  في عام 2006، هي هئية إماراتية معترف بها دوليا كجهة حكومية مشرفة على الشؤون المتعلقة بانظمة سباقات الخيل كافة, وتسجيل الخيول والترخيص للمدربين والفرسان ومسؤولي الاسطبلات في الإمارات.

تولى سمو الشيخ منصور بن زايد نائب منصب رئيس هيئة الشرف ورئاسة نادي الجزيرة الرياضي منذ عام 2004، ويعمل النادي على إيجاد ثقافة رياضية توفر مناخا لتحويل اللاعبين الموهوبين إلى لاعبين محترفين، وفي إطار جهوده لتطوير المهارات إنشاء أكاديمية نادي الجزيرة لكرة القدم.

بحكم اهتمام ودعم سمو الشيخ منصور بن زايد آل نهيان لرياضة الفروسية وسباقات الخيل، وسعيه سمو الحثيث لتشجيع المواطنيين على ممارسة رياضة التي ترتبط بتاريخ وتراث هذه المنطقة، يتولى سموه منصب رئاسة نادي أبوظبي للفروسية منذ عام 1994.